Аметист представляет собой фиолетовую разность кварца гидротермального происхождения, встречающуюся в магматических, метаморфических и осадочных породах.
Минерал образуется из насыщенного кремнеземом раствора с содержанием трехвалентного железа под влиянием радиации. Исходный гидротермальный раствор поднимается из недр к поверхности под воздействием давления по полостям и трещинам и превращается в кремнезем, насыщаясь кислородом. Раствор может поступать всей массой либо постепенно. Во втором случае происходит полосчатый, послойный рост кристаллов. Радиоактивные изотопы, такие как торий 232, калий 40, уран 238, радий 226, придают минералу фиолетовую окраску.
Аметист обычно представлен в скоплениях выступающих пирамидальных кристаллов на вершине базовой матрицы. Кристаллы часто раскалываются у основания, обретая подобие двойников. В гидротермальных жилах нередко наблюдается полосчатый, почти агатовый облик ввиду проявления нескольких фаз роста. Аметист заполняет трещины и полости вулканических пород в виде друз пластин и короткопризматических кристаллов, часто без различимых граней. В вулканических трубках минерал образует кристаллические слои с полосами и иногда большими скипетрообразными наростами. Скипетры, обычно формирующиеся поверх кристаллов горного хрусталя и дымчатого кварца, характерны также для пегматитов и среднетемпературных альпийских трещин.
В магматических породах, насыщенных радиоактивными изотопами, распространены аметистовые жеоды. Предполагается, что в магматических очагах при остывании образуются газовые ловушки в виде полостей и трещин. Их наполняют гидротермальные растворы, и происходит кристаллизация в виде друзовых одеял. Жеоды также встречаются в осадочных породах, где исходные полости могут формироваться в результате разложения органических остатков после затвердевания вмещающих пород.
